[ensembl-dev] REST API and variation data retrieval

[Diana Lemos]

Hi Jens,

The genotype data for mouse is not available via the REST API anymore.

The genotypes available on the website (link 
<http://www.ensembl.org/Mus_musculus/Variation/Sample?db=core;mr=6:39642997-39642997;r=6:39642980-39643002;v=rs242617365;vdb=variation;vf=22546329>) 
are imported from the Mouse Genome Project, the VCF files can be found 
here: 
http://ftp.ensembl.org/pub/data_files/mus_musculus/GRCm39/variation_genotype/


Best wishes,

Diana



On 15/11/2022 14:35, Hansen, Jens Matthias, Dr. wrote:
>
> Hi,
> I am querying mouse variation sample genotypes fromhttps://rest.ensembl.org/  using e.g.<https://rest.ensembl.org/variation/mouse/rs242617365?content-type=application/json;genotypes=1>, but I get empty results
> for the genotypes. However, I can see the sample genotypes on the webportal<http://www.ensembl.org/Mus_musculus/Variation/Sample?db=core;mr=6:39642997-39642997;r=6:39642980-39643002;v=rs242617365;vdb=variation;vf=22546329>.
>
> I know, this type of REST request worked in the past. Is the genotype data for the mouse no longer accessible via the REST server?
> Can anyone help?
>
> Thank you.
>
> With best regards,
> Jens
>
>
>
>
>
> -- 
> *Dr. rer. nat. Jens Hansen*
> Institute of Metabolism and Cell Death
> Head Bioinformatics
> +49 89 3187 1193
> www.helmholtz-munich.de <http://www.helmholtz-munich.de/mcd>
>
>
>
> Helmholtz Zentrum München Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit 
> und Umwelt (GmbH), Ingolstädter Landstr. 1, 85764 Neuherberg, 
> www.helmholtz-munich.de
> Geschäftsführung: Prof. Dr. med. Dr. h.c. Matthias Tschöp, Kerstin 
> Günther, Daniela Sommer (kom.) | Aufsichtsratsvorsitzende: Prof. Dr. 
> Veronika von Messling | Registergericht: Amtsgericht München HRB 6466 
> | USt-IdNr. DE 129521671
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